水戸老公（里見浩太朗）一行は、瀬戸内の赤津藩と花崎藩の騒動を収めるため、海路、菱垣廻船で現地へと向かった。志保（小沢真珠）の故郷、赤津では、血気盛んな若者たちが、赤津藩が花崎藩に吸収される前に討って出ようとしていた。志保から江戸での兄・裕之進の訃報を聞き、若者たちは今にも戦いださんばかりの勢いであった。志保の医学の師匠である医師の道庵（田村亮）は、そんな彼らを押さえるのに必死だった。

その頃、風車の弥七（内藤剛志）は花崎藩の動きをさぐっていた。どうやらことの発端は、山師・伊之助（山本圭）が赤津藩と花崎藩にまたがる山で銀鉱脈を見つけたらしいという情報を聞き、花崎藩の城代家老・大溝四郎兵衛（中山仁）が花崎藩だけで銀山を開発しようと企んでいたことにあったのだった。当の伊之助は行方不明であるという。弥七からの報告を聞き、志保は父のように慕っていた伊之助の身をなにより案じていた。お娟（由美かおる）と新助（松井天斗）は弥七の情報の裏をとるため、花崎藩に潜入する。

赤津では、若侍たちが自分たちの国を守るため、花崎藩と戦うべきであると熱くなっていた。志保も武士の娘として、また兄の敵をとるために、命も惜しまぬ覚悟であった。しかし、「戦は罪のない人間を巻き込む」との弥七の言葉を思い出し、また藩の未来を担う子供たちのためにも、戦をせずに藩を守る方法を探すため、若侍たちを説得する。

一方、赤津を乗っ取ろうとたくらんでいる花崎藩の大溝は、瀬戸内で大きな勢力を誇る、村上水軍に味方してもらうよう願い出ていた。曽根長左衛門（竜雷太）は、あくまでも中立の立場をとるというが、賄賂を渡され、金と出世に目がくらんだ小頭・信兵衛（新藤栄作）は軍勢を動かしてしまう。水軍の船が国境まで迫り、赤津藩は迎え撃とうと、緊張感は一気に高まった。老公は助さん（原田龍二）と格さん（合田雅吏）とともに村上水軍の陣営に乗り込んだ。花崎藩の不正を暴き、一件落着かのように見えたその時、信兵衛が老公に襲いかかる。しかし長左衛門が信兵衛を斬り、事のけじめをつけたのだった。

こうして、赤津藩はご一行たちの活躍によって、危機をまぬがれた。志保は伊之助の行方を気にしながら、ご老公一行と新たな旅に出る。